此時，敏林巴代本所率工布等地的民兵，進占江孜、少崗間之南尼寺，對英軍後勤補給線構成嚴重威脅。工布民兵在康馬、少崗之間巧妙設伏，殲滅了二三十名英軍。為報復，並保障其補給運輸之暢通，英軍分別自少崗和江洛兩地出動，從南、北兩面進攻南尼寺。西藏民兵冒著英軍優勢火力，勇敢迎戰，與轟破圍牆、沖入寺內的英軍展開肉搏。英勇的工布地區民兵首領阿達尼瑪紮巴兄弟二人和康區民兵多朵布等，刀劈英國軍官雜尼薩海，共殲故120餘名，阿達尼瑪紮巴兄弟、多朵布以及眾多的民兵也壯烈犧牲，鮮血淌滿南尼寺的石階梯下。

　　至今，阿達尼瑪紮巴的家鄉--西藏自治區林芝縣覺木鄉，每逢藏曆10月1日（阿達尼瑪紮巴出征之日），藏胞都要舉行跑馬、射箭等活動，悼念為抗英而捐軀的英雄兄弟二人。

　　在英軍的優勢火力下，西藏民兵終因傷亡過大而撤出南尼寺。英軍攻佔南尼寺後，搶走了寺內的所有文物和財產，縱火焚燒了寺院。

　　英軍增援部隊與原駐江孜部隊會師，迅速控制了年楚河以南地區。在向江孜市區發起進攻之前，為了切斷江孜與日喀則間的聯繫，英軍集中一部兵力攻佔了江孜西北方向的紫金寺。寺內珍藏的鍍金佛像千餘尊、大批緞繡佛像、《甘珠爾》大藏經等貴重文物並金、銀、銅器等，被英軍洗劫一空。

　　攻佔紫金寺後，英軍從東、南、西北三麵包圍了江孜，減副乳並切斷了江孜宗山的水源，準備集中兵力進攻市區。

　　此時，十三世達賴派噶倫宇妥等於7月1日到江孜與榮赫鵬會談。榮赫鵬提出限藏軍在7月5日撤出江孜，遭到西藏方面拒絕。英軍遂於5日正午開始向江孜城區發起總攻。

　　英軍以優勢炮火轟開江孜宗城堡一個缺口，並組織步兵衝鋒。藏軍和民兵打得非常勇敢。英軍進攻時，守衛宗山的藏軍和民兵用火藥槍、飛蝗石和石頭還擊英軍；山上的存水喝幹了，他們就在晚上將人用繩子從幾十米高的懸崖上吊下來取山下的一坑污水喝，最後污水也喝幹了，就喝自己的尿。在這種情況下，藏軍和民兵始終沒有動搖，在彈盡糧絕時，仍以刀、矛、棍棒等與英軍展開白刃搏鬥，但終因傷亡過重，一路從北面，一部從西南方向，沖出英軍重圍，轉移到白居寺繼續戰鬥。據英國侵略軍的隨軍記者埃德蒙康特萊記述：面對英軍炮兵榴霰彈和機槍、步槍的猛烈射擊，藏軍和民兵視死如歸，依然向爬牆頭攻缺口的英軍步兵打石頭。江孜宗城堡被英軍攻陷後，白居寺又被攻佔。佔據白居寺的英軍，搶走大批珍貴文物、藏經等，並將佛堂改成食堂，將轉經筒釘上釘子改成食品輸送帶，恣意踐踏藏胞視為神聖的寺廟和佛器。經過激戰，英軍屠殺了眾多藏胞以後，佔領了整個江孜。

　　江孜失陷後，噶倫宇妥指揮藏軍餘部在卡惹拉、浪卡子、娘索拉、甘巴拉等地佈防。7月14日，麥克唐納率英軍並供應人員共4000人從江孜出發，向拉薩前進。17日，英軍在卡惹拉遭伏擊，經過激戰，突破藏軍千餘人的防禦陣地，進抵羊卓雍湖邊。此後，藏軍的防線基本瓦解，英軍未遇到多少抵抗，於8月3日進到拉薩。

　　在英國威脅和駐藏大臣有泰的壓力下，西藏地方政府被迫於9月7日與英方簽訂了不平等的《拉薩條約》，主要內容是：（1）西藏不得向任何外國出讓土地、礦產等，使西藏成為英國的勢力範圍；（2）西藏向英國賠款；（3）拆毀印度至江孜、拉薩沿途要塞；（4）開亞東、江孜、噶大克三地為商埠；（5）西藏承認1890年條約，劃定藏錫邊界；（6）英軍在亞東駐兵。這一條約，當時被清廷拒絕，但卻為1906年英國強迫清廷與其簽訂以上述內容為主要部分的《北京條約》奠定了基礎。按照《北京條約》的內容，又增加了英印人員在西藏所開三個商埠地方享有治外法權，在亞東至江孜之間有設立郵電、驛站之權，在亞東、江孜兩地有駐紮軍隊之權等內容。英印在藏享有的這些特權，究其根由，均來自1904年的《拉薩條約》。

　　《拉薩條約》訂立後，先後屠殺了四五千藏胞、焚燒劫掠了許多喇嘛寺廟的英國侵略軍，以“勝利凱旋”的姿態，於9月中、下旬從拉薩啟程返回印度。